采收后的蘑菇虽然离开了培养料，但它仍然是活的有机体，只是生命活动的中心已变成以呼吸作用为主。此时菇体将体内的有机质分解、氧化，不断地丧失水分和排出二氧化碳。代谢作用的结果使食用菌不断地朝着衰老败坏的方向进行。
呼吸作用：贮藏中的食用菌，其呼吸作用影响着菇类的品质变化、生理机能和贮藏寿命。菇体的呼吸作用消耗了大量的基质，使之发生失重和变味。呼吸作用还可放出热量，使贮藏场所温度升高，缩短菇体的寿命。呼吸作用强，贮藏期短；反之，贮藏期可适当延长。
影响食用菌呼吸速度的因素很多，除了菇体的种类、品种特性、菇体的成熟度和完整度外，主要是温度和空气成分的影响。一般说来，在一定范围内，温度升高，呼吸速度加快，温度降低，呼吸速度减慢。但过低的温度容易引起代谢反常，导致冷害。通常贮藏温度以5℃左右为宜。
空气成分是影响呼吸作用的另一重要因素。空气中氧分压降低或者二氧化碳分压增大都会抑制呼吸作用。但氧分压过低时，则会导致无氧呼吸增强，乙醇、乙醛等有害物质在菌体中积累过多，产生生理失调，使菌体变质变味。
水分散失。新鲜菇体含水量常高达85%～95%，水分多少会直接影响到菌体的鲜度和风味。采收后的菌体会很快失去水分。水分散失的速度取决于蘑菇的种类、成熟度、环境的温度、空气湿度和流动状况等。在干燥的空气及流动的空气中菇体失水快。低温环境降低了菇体的呼吸强度，可减慢失水速度。菇体失水过多会引起收缩、起皱，菌盖翻卷、开裂，木质化程度高，质地变硬，商品质量显著降低等。
生理生化变化。菇体采摘后，伴随着呼吸作用加强以及水分散失等变化，菇体的化学组成也发生一系列变化，产生异味、变色等，直接影响到食用菌的品质。这些变化主要有以下几个方面： (1)子实体中某些化合物的产生：采摘后的子实体，随着子实体的不断成熟，乙烯释放量不断增加，特别是在菇体菌盖破裂之后，菌褶由水红色变为棕褐色时，乙烯释放量最高。乙烯是一种催熟剂，对菇体的呼吸和成熟有刺激作用。乙烯的产生对菇类的贮藏保鲜十分不利。(2)氧化代谢活性的变化：菇体在贮藏期间仍然进行着一系列的生化反应，这些生化反应很大程度上与呼吸有关。 (3)酶促褐变。褐变不仅影响食用菌产品的外观，而且影响其风味和营养价值，使其商品价值降低。食用菌褐变是由多酚氧化酶引起的。 在食用菌中，多酚氧化酶的主要作用底物是酪氨酸，故常称之为酪氨酸氧化酶。酪氨酸在该酶作用下可形成一种黑色素，导致褐变发生。(4)自然氧化。新鲜食用菌在贮藏一段时间后，菇体内的碳水化合物和脂类物质等会发生自然氧化。碳水化合物会产生褐色、茶褐色物质，同时散发出臭味和产生有毒物质；脂类氧化也会产生异味和变色，甚至产生有毒物质。
贮藏期间的微生物侵染及害虫为害。食用菌因含有丰富的营养物质而极易被微生物和害虫侵染。
多年实践证明，蘑菇贮藏保鲜应从蘑菇的生理和病理两方面上综合进行相应的保鲜措施。蘑菇采收后，其同化作用就停止了，随后蘑菇自生的呼吸作用直接间接影响了蘑菇的各项生理生化反应过程，也因此影响着蘑菇的耐贮藏性和抗病性能力。所以说，要想解决好蘑菇的贮藏保鲜问题，就必须从蘑菇的生理和病理两方面上着手。而通常蘑菇子实体中的水，要分三类：结构水（组织内部的）、游离水（细胞之间的）和体表水（环境的加湿或者是雨水）。鲜蘑菇采收后，由于蘑菇除自生的呼吸作用而放出大量的呼吸热以外，还无时不刻地受着环境中微生物的侵害作用。同时我们用于贮藏保鲜的蘑菇有来源复杂，从产地上分有原生态的、林（田）间人工栽培和工厂化人工驯化育种栽培的等几种。所以说，即便是同一种菌种的蘑菇，其贮藏保鲜方法也必须采用不同的有效保鲜措施，才有可能取得较好保鲜效果。另外，由于蘑菇贮藏保鲜的最终目的不同，又须分别考虑蘑菇的颜色、形状（如开伞率）、口感（如绵、脆、润、韧等）、营养成分（如活性物质保有量等）以及含水率等等不同要求。我们已知蘑菇保鲜的因素：①失水对子实体耐贮藏性的影响；②呼吸作用对子实体耐贮藏性影响；③子实体贮藏期间的组织变色； ④子实体贮藏期间自然氧化（发黑）作用； ⑤环境微生物对子实体的侵害。
